Abrégé

Described herein in some embodiments is a method comprising: obtaining expression data previously obtained by processing a biological sample obtained from a subject; processing the expression data using a hierarchy of machine learning classifiers corresponding to a hierarchy of molecular categories to obtain machine learning classifier outputs including a first output and a second output, the hierarchy of molecular categories including a parent molecular category and first and second molecular categories that are children of the parent molecular category in the hierarchy of molecular categories, the hierarchy of machine learning classifiers comprising first and second machine learning classifiers corresponding to the first and second molecular categories; and identifying, using at least some of the machine learning classifier outputs including the first output and the second output, at least one candidate molecular category for the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines

Abrégé

Techniques for determining whether a sample obtained from a subject includes cells having homologous recombination deficiency (HRD). The techniques include: obtaining data about segments of the subject's genome; identifying a first subset of the segments, the first subset including segments associated with at least one chromosome arm of the genome and having a common copy number; identifying a second subset of the segments, each of the segments of the second subset having (i) a respective copy number different from the common copy number and (ii) a respective length that satisfies a predetermined length criterion; determining a proportion of a number of segments in the second subset to a number of chromosome arms of the at least one chromosome arm; and determining, based on the determined proportion, whether the biological sample includes cells having HRD.

Classes IPC  ?

• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16B 20/10 - Ploïdie ou détection du nombre de copies

Abrégé

Techniques for determining whether a sample obtained from a subject includes cells having homologous recombination deficiency (HRD). The techniques include: obtaining data about segments of the subject's genome; identifying a first subset of the segments, the first subset including segments associated with at least one chromosome arm of the genome and having a common copy number; identifying a second subset of the segments, each of the segments of the second subset having (i) a respective copy number different from the common copy number and (ii) a respective length that satisfies a predetermined length criterion; determining a proportion of a number of segments in the second subset to a number of chromosome arms of the at least one chromosome arm; and determining, based on the determined proportion, whether the biological sample includes cells having HRD.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G16B 40/30 - Analyse de données non supervisée
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example bladder cancers or urothelial cancers. The disclosure is based, in part, on methods for determining the urothelial cancer (UC) tumor microenvironment (TME) type of a urothelial cancer subject and the subject’s prognosis and/or likelihood of responding to a therapy based upon the UC TME type determination.

Classes IPC  ?

• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 20/50 - Mutagénèse
• G16B 30/10 - Alignement de séquence; Recherche d’homologie
• A61K 47/68 - Préparations médicinales caractérisées par les ingrédients non actifs utilisés, p.ex. les supports ou les additifs inertes; Agents de ciblage ou de modification chimiquement liés à l’ingrédient actif l’ingrédient non actif étant chimiquement lié à l’ingrédient actif, p.ex. conjugués polymère-médicament l’ingrédient non actif étant un agent de modification l’agent de modification étant un anticorps, une immunoglobuline ou son fragment, p.ex. un fragment Fc
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example solid tumor cancers or blood cancers. The disclosure is based, in part, on methods for determining a cytokine signature of a subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to a therapy based upon the cytokine signature determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example bladder cancers or urothelial cancers. The disclosure is based, in part, on methods for determining the urothelial cancer (UC) tumor microenvironment (TME) type of a urothelial cancer subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to a therapy based upon the UC TME type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for identifying a tertiary lymphoid structure (TLS) in an image of tissue. The techniques include obtaining a set of overlapping sub-images of the image; processing the set of overlapping sub-images using a neural network model to obtain a set of pixel-level sub-image masks, each of the set of pixel-level sub-image masks indicating, for each of multiple pixels in a respective sub-image, a probability that the pixel is part of a TLS; determining a pixel-level mask for at least a portion of the image covered by at least some of the sub-images, the determining comprising determining the pixel-level mask using at least some of the set of pixel-level sub-image masks; identifying boundaries of a TLS in at least the portion of the image using the pixel-level mask; and identifying one or more features of the TLS using the identified boundaries and at least the portion of the image.

Classes IPC  ?

• G06V 10/75 - Appariement de motifs d’image ou de vidéo; Mesures de proximité dans les espaces de caractéristiques utilisant l’analyse de contexte; Sélection des dictionnaires
• G06T 7/10 - Découpage; Détection de bords
• G06T 7/143 - Découpage; Détection de bords impliquant des approches probabilistes, p.ex. la modélisation à "champs aléatoires de Markov [MRF]"
• G06T 7/187 - Découpage; Détection de bords impliquant un étiquetage de composantes connexes

Abrégé

Techniques for determining a respective cell type for each of at least some of a plurality of cells. The techniques includes: obtaining cytometry data for a biological sample from a subject, the biological sample comprising a plurality of cells including a first cell, the cytometry data including first cytometry data for the first cell; and determining a respective type for each of at least some of the plurality of cells using a hierarchy of machine learning models corresponding to a hierarchy of cell types, the determining comprising determining a first type for the first cell by processing the first cytometry data using a first subset of the hierarchy of machine learning models.

Classes IPC  ?

• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p.ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires
• G06V 10/70 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique
• G06V 10/774 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant l’intégration et la réduction de données, p.ex. analyse en composantes principales [PCA] ou analyse en composantes indépendantes [ ICA] ou cartes auto-organisatrices [SOM]; Séparation aveugle de source méthodes de Bootstrap, p.ex. "bagging” ou “boosting”
• G06V 10/82 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant les réseaux neuronaux
• G16H 10/40 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des données relatives aux analyses de laboratoire, p.ex. pour des analyses d’échantillon de patient
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Abrégé

Techniques for determining a respective cell type for each of at least some of a plurality of cells. The techniques includes: obtaining cytometry data for a biological sample from a subject, the biological sample comprising a plurality of cells including a first cell, the cytometry data including first cytometry data for the first cell; and determining a respective type for each of at least some of the plurality of cells using a hierarchy of machine learning models corresponding to a hierarchy of cell types, the determining comprising determining a first type for the first cell by processing the first cytometry data using a first subset of the hierarchy of machine learning models.

Classes IPC  ?

• G01N 15/10 - Recherche de particules individuelles
• G01N 15/14 - Recherche par des moyens électro-optiques
• G06N 3/02 - Réseaux neuronaux
• G06N 5/01 - Techniques de recherche dynamique; Heuristiques; Arbres dynamiques; Séparation et évaluation
• G06N 20/20 - Techniques d’ensemble en apprentissage automatique

Abrégé

Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, and computer-readable storage media, which are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example breast cancer. The disclosure is based, in part, on methods for determining the breast cancer molecular type and/or tumor microenvironment (TME) type of a breast cancer subject, and identifying the subject's prognosis and/or one or more therapeutic agents for treating the subject based upon the TME type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for determining whether or a subject is likely to respond to certain adoptive cell therapies (e.g., chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy, etc.). In some embodiments, the methods comprise the steps of identifying a subject as having a tumor microenvironment (TME) type based upon a molecular-functional (MF) expression signature of the subject, and determining whether or not the subject is likely to respond to a chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy based upon the TME type. In some embodiments, the methods comprise determining the lymphoma microenvironment (LME) type of a lymphoma (e.g., Diffuse Large B cell lymphoma (DLBCL)) subject and identifying the subjects prognosis based upon the LME type determination.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• A61P 35/00 - Agents anticancéreux
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• A61K 35/17 - Lymphocytes; Lymphocytes B; Lymphocytes T; Cellules tueuses naturelles; Lymphocytes activés par un interféron ou une cytokine
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p.ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire

Abrégé

Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/30 - Analyse de données non supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for improving compatibility of nucleic acid sequencing data obtained using different techniques. The disclosure is based, in part, on methods for mapping expression levels for genes expressed in a biological sample and obtained from a subject using a first protocol to expression levels as would have been determined through a second protocol if the second protocol were used to process the biological sample instead of the first protocol.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Techniques for using machine learning to estimate tumor expression levels of genes in tumor cells. The techniques include obtaining expression data for a set of genes comprising a first plurality of genes associated with the tumor cells and a second plurality of genes associated with tumor microenvironment cells; determining the tumor expression levels of the first plurality of genes in the tumor cells using a plurality of machine learning models, the determining comprising: generating a first set of features for the first gene; providing the first set of features as input to the first machine learning model to obtain an output comprising a tumor microenvironment expression level estimate of the first gene in the tumor microenvironment cells; and determining a first tumor expression level for the first gene in the tumor cells using the output of the first machine learning model and a total expression level for the first gene.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for improving compatibility of nucleic acid sequencing data obtained using different techniques. The disclosure is based, in part, on methods for mapping expression levels for genes expressed in a biological sample and obtained from a subject using a first protocol to expression levels as would have been determined through a second protocol if the second protocol were used to process the biological sample instead of the first protocol.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for improving compatibility of nucleic acid sequencing data obtained using different techniques. The disclosure is based, in part, on methods for mapping expression levels for genes expressed in a biological sample and obtained from a subject using a first protocol to expression levels as would have been determined through a second protocol if the second protocol were used to process the biological sample instead of the first protocol.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Techniques for using machine learning to estimate tumor expression levels of genes in tumor cells. The techniques include obtaining expression data for a set of genes comprising a first plurality of genes associated with the tumor cells and a second plurality of genes associated with tumor microenvironment cells; determining the tumor expression levels of the first plurality of genes in the tumor cells using a plurality of machine learning models, the determining comprising: generating a first set of features for the first gene; providing the first set of features as input to the first machine learning model to obtain an output comprising a tumor microenvironment expression level estimate of the first gene in the tumor microenvironment cells; and determining a first tumor expression level for the first gene in the tumor cells using the output of the first machine learning model and a total expression level for the first gene.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example renal cell carcinomas such as clear cell renal carcinoma (ccRCC). The disclosure is based, in part, on methods for determining the renal cancer (RC) tumor microenvironment (TME) type (RC TME type) of a renal cancer subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to certain therapies (e.g., immunotherapy or tyrosine kinase inhibitors) based upon the renal cancer type determination.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Abrégé

Techniques for identifying a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in the at least some of the plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; and identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example renal cell carcinomas such as clear cell renal carcinoma (ccRCC). The disclosure is based, in part, on methods for determining the renal cancer (RC) tumor microenvironment (TME) type (RC TME type) of a renal cancer subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to certain therapies (e.g., immunotherapy or tyrosine kinase inhibitors) based upon the renal cancer type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for identifying a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in the at least some of the plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; and identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for identifying, based at least in part on a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer, whether the subject is likely to respond to an immunotherapy. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in a plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject; and identifying, using the GC TME type of the subject, whether or not the subject is likely to respond to the immunotherapy.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example renal cell carcinomas such as clear cell renal carcinoma (ccRCC). The disclosure is based, in part, on methods for determining the renal cancer (RC) tumor microenvironment (TME) type (RC TME type) of a renal cancer subject and the subject's prognosis and/or likelihood of responding to certain therapies (e.g., immunotherapy or tyrosine kinase inhibitors) based upon the renal cancer type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for identifying, based at least in part on a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer, whether the subject is likely to respond to an immunotherapy. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in a plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject; and identifying, using the GC TME type of the subject, whether or not the subject is likely to respond to the immunotherapy.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for identifying a gastric cancer (GC) tumor microenvironment (TME) type for a subject having, suspected of having, or at risk of having gastric cancer. The techniques include: obtaining RNA expression data for the subject; generating a GC TME signature for the subject using the RNA expression data, the GC TME signature comprising gene group scores for respective gene groups in the at least some of the plurality of gene groups, the generating comprising: determining the gene group scores using the RNA expression data; and identifying, using the GC TME signature and from among a plurality of GC TME types, a GC TME type for the subject.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques

Abrégé

Techniques for identifying malignant cell populations. The techniques include: obtaining sequencing data previously obtained from a biological sample from a subject; processing the sequencing data to identify: a plurality of cell population estimates for a cell of a first type, the plurality of cell population estimates including a first cell population estimate and a second cell population estimate associated respectively with largest and second largest cell population estimates from among the identified plurality of cell population estimates; and features associated with the plurality of cell population estimates, the features including: a first feature indicative of a size of the first cell population estimate; and a second feature indicative of a ratio between sizes of the first cell population estimate and the second cell population estimate; and determining, using the features and a trained machine learning model, whether the first cell population estimate includes malignant cells of the first type.

Classes IPC  ?

• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example lymphomas. The disclosure is based, in part, on methods for determining the tumor microenvironment (TME) type of a lymphoma (e.g., follicular lymphoma) subject and identifying the subject's prognosis based upon the TME type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) that are useful for characterizing subjects having certain cancers, for example lymphomas. The disclosure is based, in part, on methods for determining the tumor microenvironment (TME) type of a lymphoma (e.g., follicular lymphoma) subject and identifying the subject's prognosis based upon the TME type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Described herein in some embodiments is a method comprising: obtaining expression data previously obtained by processing a biological sample obtained from a subject; processing the expression data using a hierarchy of machine learning classifiers corresponding to a hierarchy of molecular categories to obtain machine learning classifier outputs including a first output and a second output, the hierarchy of molecular categories including a parent molecular category and first and second molecular categories that are children of the parent molecular category in the hierarchy of molecular categories, the hierarchy of machine learning classifiers comprising first and second machine learning classifiers corresponding to the first and second molecular categories; and identifying, using at least some of the machine learning classifier outputs including the first output and the second output, at least one candidate molecular category for the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides

Abrégé

Described herein in some embodiments is a method comprising: obtaining expression data previously obtained by processing a biological sample obtained from a subject; processing the expression data using a hierarchy of machine learning classifiers corresponding to a hierarchy of molecular categories to obtain machine learning classifier outputs including a first output and a second output, the hierarchy of molecular categories including a parent molecular category and first and second molecular categories that are children of the parent molecular category in the hierarchy of molecular categories, the hierarchy of machine learning classifiers comprising first and second machine learning classifiers corresponding to the first and second molecular categories; and identifying, using at least some of the machine learning classifier outputs including the first output and the second output, at least one candidate molecular category for the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux

Produits et services

Downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images. Providing online, non-downloadable software for genetic and epigenetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data; design, development and hosting online computer databases featuring scientific research information in the nature of genomic sequences for use in scientific research, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, epigenomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; design, development and hosting online internet website portal featuring medical, genetic, epigenetic, genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic research information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes; providing online, non-downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images. Providing collected and analyzed medical information in the field of genetics, epigenetics, and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing, via online computer databases, medical information in the nature of genomic sequences for health care and medical purposes, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; providing, via an online internet website portal, medical information, namely, medical, genetic, epigenetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes.

Abrégé

Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6869 - Méthodes de séquençage
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p.ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 35/10 - Conception de bibliothèques
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Abrégé

Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample, obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image, identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values, and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.

Classes IPC  ?

• G06T 7/00 - Analyse d'image
• G06T 7/194 - Découpage; Détection de bords impliquant une segmentation premier plan-arrière-plan
• G06T 7/174 - Découpage; Détection de bords impliquant l'utilisation de plusieurs images
• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p.ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires
• G06F 18/2431 - Classes multiples
• G06V 10/74 - Appariement de motifs d’image ou de vidéo; Mesures de proximité dans les espaces de caractéristiques
• G06V 10/762 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant le regroupement, p.ex. de visages similaires sur les réseaux sociaux
• G06V 10/764 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant la classification, p.ex. des objets vidéo
• G06V 10/82 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant les réseaux neuronaux
• G06V 10/44 - Extraction de caractéristiques locales par analyse des parties du motif, p.ex. par détection d’arêtes, de contours, de boucles, d’angles, de barres ou d’intersections; Analyse de connectivité, p.ex. de composantes connectées

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for determining whether or a subject is likely to respond to certain adoptive cell therapies (e.g., chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy, etc.). In some embodiments, the methods comprise the steps of identifying a subject as having a tumor microenvironment (TME) type based upon a molecular- functional (ME) expression signature of the subject, and determining whether or not the subject is likely to respond to a chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy based upon the TME type. In some embodiments, the methods comprise determining the lymphoma microenvironment (LME) type of a lymphoma (e.g., Diffuse Large B cell lymphoma (DLBCL)) subject and identifying the subject's prognosis based upon the LME type determination.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Aspects of the disclosure relate to methods for determining whether or a subject is likely to respond to certain adoptive cell therapies (e.g., chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy, etc.). In some embodiments, the methods comprise the steps of identifying a subject as having a tumor microenvironment (TME) type based upon a molecular-functional (MF) expression signature of the subject, and determining whether or not the subject is likely to respond to a chimeric antigen receptor (CAR) T-cell therapy based upon the TME type. In some embodiments, the methods comprise determining the lymphoma microenvironment (LME) type of a lymphoma (e.g., Diffuse Large B cell lymphoma (DLBCL)) subject and identifying the subject's prognosis based upon the LME type determination.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• A61P 35/00 - Agents anticancéreux
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• A61K 35/17 - Lymphocytes; Lymphocytes B; Lymphocytes T; Cellules tueuses naturelles; Lymphocytes activés par un interféron ou une cytokine
• C07K 16/28 - Immunoglobulines, p.ex. anticorps monoclonaux ou polyclonaux contre du matériel provenant d'animaux ou d'humains contre des récepteurs, des antigènes de surface cellulaire ou des déterminants de surface cellulaire

Produits et services

Medical research services; biomedical research services; structural and functional analysis of genomes; scientific research in the field of genomics; medical laboratory services being medical research, in the fields of diagnostics and development of tests for clinical diagnosis and the detection of medical conditions and disorders; providing temporary use of online, non-downloadable software for genetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, proteomic, and transcriptomic data; providing temporary use of online, non-downloadable software used to integrate and create data models; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for data management, for electronic storage of data in the field of clinical trials and electronic health records; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; providing online, non-downloadable software for use in clinical trial data management and for management of electronic health records; hosting online computer databases of genomic sequences for medical scientific research, namely, for medical tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, for the purpose of diagnosing diseases and gene mutations. Genetic testing for medical purposes, specifically, genomic, proteomic, transcriptomic, and molecular medical testing for cancer and other diagnostic or treatment purposes; providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetic and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing medical information, specifically, providing collected and analyzed medical information in the field of genomics, proteomics, transcriptomics for diagnostic and treatment purposes; providing medical data and information to healthcare professionals; providing an online internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations); providing an online internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations).

Abrégé

Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques

Abrégé

Techniques for determining one or more cell composition percentages from expression data. The techniques include obtaining expression data for a biological sample, the biological sample previously obtained from a subject, the expression data including first expression data associated with a first set of genes associated with a first cell type; determining a first cell composition percentage for the first cell type using the expression data and one or more non-linear regression models including a first non-linear regression model, wherein the first cell composition percentage indicates an estimated percentage of cells of the first cell type in the biological sample, wherein determining the first cell composition percentage for the first cell type comprises: processing the first expression data with the first non-linear regression model to determine the first cell composition percentage for the first cell type; and outputting the first cell composition percentage.

Classes IPC  ?

• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include: obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample; obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image; identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by: determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image; and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values; and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.

Classes IPC  ?

• G01N 21/64 - Fluorescence; Phosphorescence
• G06V 10/26 - Segmentation de formes dans le champ d’image; Découpage ou fusion d’éléments d’image visant à établir la région de motif, p.ex. techniques de regroupement; Détection d’occlusion
• G06V 10/74 - Appariement de motifs d’image ou de vidéo; Mesures de proximité dans les espaces de caractéristiques
• G06V 10/82 - Dispositions pour la reconnaissance ou la compréhension d’images ou de vidéos utilisant la reconnaissance de formes ou l’apprentissage automatique utilisant les réseaux neuronaux
• G06V 20/69 - Objets microscopiques, p.ex. cellules biologiques ou pièces cellulaires

Abrégé

Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include: obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample; obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image; identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by: determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image; and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values; and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.

Classes IPC  ?

• G06K 9/00 - Méthodes ou dispositions pour la lecture ou la reconnaissance de caractères imprimés ou écrits ou pour la reconnaissance de formes, p.ex. d'empreintes digitales
• G06K 9/46 - Extraction d'éléments ou de caractéristiques de l'image
• G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
• G06T 7/00 - Analyse d'image

Abrégé

Techniques for processing multiplexed immunofluorescence (MxIF) images. The techniques include obtaining at least one MxIF image of a same tissue sample, obtaining information indicative of locations of cells in the at least one MxIF image, identifying multiple groups of cells in the at least one MxIF image at least in part by determining feature values for at least some of the cells using the at least one MxIF image and the information indicative of locations of the at least some cells in the at least one MxIF image and grouping the at least some of the cells into the multiple groups using the determined feature values, and determining at least one characteristic of the tissue sample using the multiple cell groups.

Classes IPC  ?

• G06T 7/00 - Analyse d'image
• G06K 9/00 - Méthodes ou dispositions pour la lecture ou la reconnaissance de caractères imprimés ou écrits ou pour la reconnaissance de formes, p.ex. d'empreintes digitales
• G06K 9/62 - Méthodes ou dispositions pour la reconnaissance utilisant des moyens électroniques
• G06T 7/194 - Découpage; Détection de bords impliquant une segmentation premier plan-arrière-plan
• G06T 7/174 - Découpage; Détection de bords impliquant l'utilisation de plusieurs images

Abrégé

Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G16B 40/30 - Analyse de données non supervisée
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Produits et services

Providing temporary use of online, non-downloadable software for genetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, proteomic, and transcriptomic data; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry. Providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetic and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing online computer databases of genomic sequences for medical scientific research, namely, for medical tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, for the purpose of diagnosing diseases and gene mutations (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations); providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations); providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations).

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Produits et services

(1) Downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images. (1) Providing online, non-downloadable software for genetic and epigenetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data; design, development and hosting online computer databases featuring scientific research information in the nature of genomic sequences for use in scientific research, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, epigenomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; design, development and hosting online internet website portal featuring medical, genetic, epigenetic, genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic research information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes; providing online, non-downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images. (2) Providing collected and analyzed medical information in the field of genetics, epigenetics, and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing, via online computer databases, medical information in the nature of genomic sequences for health care and medical purposes, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; providing, via an online internet website portal, medical information, namely, medical, genetic, epigenetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes.

Abrégé

Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée

Abrégé

Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes

Abrégé

Techniques for determining one or more characteristics of a biological sample using rankings of gene expression levels in expression data obtained using one or more sequencing platforms is described. The techniques may include obtaining expression data for a biological sample of a subject. The techniques further include ranking genes in a set of genes based on their expression levels in the expression data to obtain a gene ranking and determining using the gene ranking and a statistical model, one or more characteristics of the biological sample.

Classes IPC  ?

• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.

Classes IPC  ?

• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p.ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• C12Q 1/68 - Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions faisant intervenir des acides nucléiques

Abrégé

Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.

Classes IPC  ?

• G16B 25/00 - TIC spécialement adaptées à l’hybridation; TIC spécialement adaptées à l’expression de gènes ou de protéines
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• C12Q 1/6806 - Préparation d’acides nucléiques pour analyse, p.ex. pour test de réaction en chaîne par polymérase [PCR]

Produits et services

Providing online, non-downloadable software for genetic and epigenetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing online computer databases featuring scientific research information in the field of genomic sequences for use in scientific research, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing an online internet website portal featuring medical, genetic, epigenetic, genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic research information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes; providing an online internet website portal featuring medical, genetic, epigenetic, genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic research information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes; medical research services; biomedical research services; structural and functional analysis of genomes; scientific research in the field of genomics and epigenomics; medical laboratory services being medical research, in the fields of diagnostics and development of tests for clinical diagnosis and the detection of medical conditions and disorders; providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data; providing temporary use of online, non-downloadable software used to integrate and create data models; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for data management, for electronic storage of data in the field of clinical trials and electronic health records; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, epigenetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; providing online, nondownloadable software for use in clinical trial data management and for management of electronic health records; providing online, non-downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images Genetic testing for medical purposes, specifically, genomic, epigenomic, proteomic, transcriptomic, and molecular medical testing for cancer and other diagnostic or treatment purposes; providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetics, epigenetics, and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing medical information, specifically, providing collected and analyzed medical information in the field of genomics, epigenomics, proteomics, transcriptomics for diagnostic and treatment purposes; providing medical data and information to healthcare professionals; providing online computer databases of genomic sequences for health care and medical purposes, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, epigenetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, epigenetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes

Produits et services

Downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images Providing online, non-downloadable software for genetic and epigenetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data; providing online computer databases featuring scientific research information in the nature of genomic sequences for use in scientific research, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, epigenomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; providing an online internet website portal featuring medical, genetic, epigenetic, genomic, epigenomic, proteomic, and transcriptomic research information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes; providing online, non-downloadable software for displaying, recording, and analyzing medical data and medical images Providing collected and analyzed medical information in the field of genetics, epigenetics, and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing online computer databases of genomic sequences for health care and medical purposes, namely, for tracking, matching, searching, testing, aggregating, and evaluating health status, and diagnosing diseases and gene mutations; providing an online internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, epigenetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes

Produits et services

(1) Medical research services; biomedical research services; structural and functional analysis of genomes; scientific research in the field of genomics; medical laboratory services being medical research, in the fields of diagnostics and development of tests for clinical diagnosis and the detection of medical conditions and disorders; providing temporary use of online, non-downloadable software for genetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, proteomic, and transcriptomic data; providing temporary use of online, non-downloadable software used to integrate and create data models; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for data management, for electronic storage of data in the field of clinical trials and electronic health records; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; providing online, non-downloadable software for use in clinical trial data management and for management of electronic health records; hosting online computer databases of genomic sequences for medical scientific research, namely, for medical tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, for the purpose of diagnosing diseases and gene mutations. (2) Genetic testing for medical purposes, specifically, genomic, proteomic, transcriptomic, and molecular medical testing for cancer and other diagnostic or treatment purposes; providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetic and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing medical information, specifically, providing collected and analyzed medical information in the field of genomics, proteomics, transcriptomics for diagnostic and treatment purposes; providing medical data and information to healthcare professionals; providing an online internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations); providing an online internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes (term considered too vague by the International Bureau - Rule 13 (2) (b) of the Regulations).

Abrégé

Described herein are various methods of collecting and processing of tumor and/or healthy tissue samples to extract nucleic acid and perform nucleic acid sequencing. Also described herein are various methods of processing nucleic acid sequencing data to remove bias from the nucleic acid sequencing data. Also described herein are various methods of evaluating the quality of nucleic acid sequence information. The identity and/or integrity of nucleic acid sequence data is evaluated prior to using the sequence information for subsequent analysis (for example for diagnostic, prognostic, or clinical purposes). The methods enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely, and thereby determine a therapy or combination of therapies that may be effective to treat a cancer in a subject based on the precise characterization.

Classes IPC  ?

• G16B 30/10 - Alignement de séquence; Recherche d’homologie
• G16B 20/20 - Détection d’allèles ou de variantes, p. ex. détection de polymorphisme d’un seul nucléotide
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 35/10 - Conception de bibliothèques

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a subject; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject; identifying an MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject; and clustering the plurality of MF profiles to obtain the MF profile clusters.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Produits et services

Providing temporary use of online, non-downloadable software for genetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; Providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, proteomic, and transcriptomic data; Software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; Software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; Providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry Providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetic and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; providing online computer databases of genomic sequences for medical scientific research, namely, for medical tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, for the purpose of diagnosing diseases and gene mutations; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes

Abrégé

Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Produits et services

Medical research services; biomedical research services; structural and functional analysis of genomes; scientific research in the field of genomics; medical laboratory services being medical research, in the fields of diagnostics and development of tests for clinical diagnosis and the detection of medical conditions and disorders; providing temporary use of online, non-downloadable software for genetic assessment and identification of cancer, diseases, health status and metrics, and gene mutations for scientific, medical, diagnostic, treatment, and research purposes; providing temporary use of online, non-downloadable software used for the sequencing and analyses of genomic, proteomic, and transcriptomic data; providing temporary use of online, non-downloadable software used to integrate and create data models; software as a service (SAAS) services featuring software for analyzing and visualizing genomic, proteomic, and transcriptomic data, and evaluating health status and diagnosing diseases, disorders, and syndromes; software as a service (SAAS) services featuring software for data management, for electronic storage of data in the field of clinical trials and electronic health records; software as a service (SAAS) services featuring software for patient treatment protocols and for recommending treatments to patients; providing online, non-downloadable computer software for collecting, analyzing, reporting, and tracking data and information in the fields of genetics, genomics, proteomics, transcriptomics, and biochemistry; providing online, non-downloadable software for use in clinical trial data management and for management of electronic health records Genetic testing for medical purposes, specifically, genomic, proteomic, transcriptomic, and molecular medical testing for cancer and other diagnostic or treatment purposes; Providing medical information, namely, providing collected and analyzed medical information in the field of genetic and treatment information for cancer and other diseases and disorders for diagnostic and treatment purposes; Providing medical information, specifically, providing collected and analyzed medical information in the field of genomics, proteomics, transcriptomics for diagnostic and treatment purposes; providing medical data and information to healthcare professionals; providing online computer databases of genomic sequences for medical scientific research, namely, for medical tracking, matching, searching, testing, aggregating, researching, and evaluating health status, for the purpose of diagnosing diseases and gene mutations; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data in the field of cancer for diagnostic and treatment purposes; providing an online Internet website portal featuring medical information, namely, medical, genetic, genomic, proteomic, and transcriptomic information and data for scientific, laboratory, and medical research and development purposes

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a subject; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject; identifying an MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject; and clustering the plurality of MF profiles to obtain the MF profile clusters.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample from a plurality of subjects, determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for the plurality of subjects, and storing the plurality of MF profiles in association with information identifying the particular cancer type.

Classes IPC  ?

• G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
• G06F 19/26 - pour la visualisation de données, p.ex. production de graphiques, affichage de cartes ou de réseaux ou autres représentations visuelles
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for the subject at least in part by determining first and second visual characteristics for first and second GUI elements using the data; generating a personalized GUI personalized to the subject using the first and second visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16B 40/30 - Analyse de données non supervisée
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROBO4, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLI1, TIRAP, GSE1, POLR3K, PIGO, MFHAS1, NPIPA1, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIF1, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPA1, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MT1X, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICAL1; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype

Abrégé

Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques

Abrégé

Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Methods described herein relate to constructing therapeutic fusion-specific vaccine libraries, selecting a therapeutic fusion-specific vaccine for a cancer patient, and/or constructing a de novo therapeutic fusion-specific vaccine for patients having a gene fusion that is absent from a fusion-specific vaccine library.

Classes IPC  ?

• A61K 38/16 - Peptides ayant plus de 20 amino-acides; Gastrines; Somatostatines; Mélanotropines; Leurs dérivés
• A61K 39/00 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
• G01N 33/574 - Tests immunologiques; Tests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques; Matériaux à cet effet pour le cancer
• A61K 39/39 - Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps caractérisées par les additifs immunostimulants, p.ex. par les adjuvants chimiques
• C40B 40/10 - Bibliothèques comprenant des peptides ou des polypeptides ou leurs dérivés

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile for a subject using the data; determining visual characteristics GUI elements using the data; generating a GUI personalized to the subject using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Produits et services

Software as a Service (SAAS) services featuring software for health and medical analysis, for medical information storage, retrieval, management, and processing, and for aggregating medical and health data from a variety of sources, all for use by medical professionals to inform decision-making

Produits et services

Providing medical information

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for a biological sample; determining a molecular-functional (MF) profile using the data; determining sets of visual characteristics for GUI elements using the data; generating a personalized GUI using the determined visual characteristics; and presenting the generated personalized GUI to a user.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 40/20 - Analyse de données supervisée
• G16B 50/30 - Entreposage de données; Architectures informatiques
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROBO4, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLI1, TIRAP, GSE1, POLR3K, PIGO, MFHAS1, NPIPA1, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIF1, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPA1, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MT1X, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICAL1; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16B 5/20 - Modèles probabilistes
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Techniques for determining predicted response of a subject to multiple therapies using the subject's sequencing data. The techniques include accessing biomarker information indicating a distribution of values for each biomarker in at least a reference subset of a plurality of biomarkers across a respective group of people, each of the plurality of biomarkers being associated with at least one therapy in a plurality of therapies; determining, using the sequencing data and the biomarker information, a normalized score for each biomarker in at least a subject subset of the plurality of biomarkers to obtain a set of normalized biomarker scores for the subject; and determining, using the set of normalized biomarker scores for the subject, therapy scores for the plurality of therapies, each of the therapy scores indicative of predicted response of the subject to administration of a respective therapy in the plurality of therapies.

Classes IPC  ?

• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/00 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs

Abrégé

Techniques for determining predicted response of a subject to multiple therapies using the subject's sequencing data. The techniques include accessing biomarker information indicating a distribution of values for each biomarker in at least a reference subset of a plurality of biomarkers across a respective group of people, each of the plurality of biomarkers being associated with at least one therapy in a plurality of therapies; determining, using the sequencing data and the biomarker information, a normalized score for each biomarker in at least a subject subset of the plurality of biomarkers to obtain a set of normalized biomarker scores for the subject; and determining, using the set of normalized biomarker scores for the subject, therapy scores for the plurality of therapies, each of the therapy scores indicative of predicted response of the subject to administration of a respective therapy in the plurality of therapies.

Classes IPC  ?

• G06F 19/18 - pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
• G06F 19/24 - pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
• G06F 19/26 - pour la visualisation de données, p.ex. production de graphiques, affichage de cartes ou de réseaux ou autres représentations visuelles

Abrégé

Various methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer-readable storage media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer.

Classes IPC  ?

• G06F 19/10 - Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique (procédés in silico de criblage de bibliothèques chimiques virtuelles C40B 30/02;procédés mathématiques ou in silicio de création de bibliothèques chimiques virtuelles C40B 50/02)

Abrégé

Various methods, systems, computer-readable storage media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer-readable storage media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer.

Classes IPC  ?

• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression
• G16B 30/00 - TIC spécialement adaptées à l’analyse de séquences impliquant des nucléotides ou des aminoacides
• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux

Abrégé

Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROB04, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLU, TIRAP, GSEl, POLR3K, PIGO, MFHAS l, NPIPAl, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIFl, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPAl, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MTIX, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICALl; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• C12Q 1/6809 - Méthodes de détermination ou d’identification des acides nucléiques faisant intervenir la détection différentielle
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 25/10 - Profilage de l’expression de gènes ou de protéines; Estimation ou normalisation de ratio d’expression

Abrégé

Techniques for determining whether a subject is likely to respond to an immune checkpoint blockade therapy. The techniques include obtaining expression data for the subject, using the expression data to determine subject expression levels for at least three genes selected from the set of predictor genes consisting of BRAF, ACVR1B, MPRIP, PRKAG1, STX2, AGPAT3, FYN, CMIP, ROB04, RAB40C, HAUS8, SNAP23, SNX6, ACVR1B, MPRIP, COPS3, NLRX1, ELAC2, MON1B, ARF3, ARPIN, SPRYD3, FLU, TIRAP, GSEl, POLR3K, PIGO, MFHAS l, NPIPAl, DPH6, ERLIN2, CES2, LHFP, NAIFl, ALCAM, SYNE1, SPINT1, SMTN, SLCA46A1, SAP25, WISP2, TSTD1, NLRX1, NPIPAl, HIST1H2AC, FUT8, FABP4, ERBB2, TUBA1A, XAGE1E, SERPINF1, RAI14, SIRPA, MTIX, NEK3, TGFB3, USP13, HLA-DRB4, IGF2, and MICALl; and determining, using the determined expression levels and a statistical model trained using expression data indicating expression levels for a plurality of genes for a plurality of subjects, whether the subject is likely to respond to the immune checkpoint blockade therapy.

Classes IPC  ?

• G06F 19/10 - Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique (procédés in silico de criblage de bibliothèques chimiques virtuelles C40B 30/02;procédés mathématiques ou in silicio de création de bibliothèques chimiques virtuelles C40B 50/02)

Abrégé

Techniques for generating therapy biomarker scores and visualizing same. The techniques include determining, using a patient's sequence data and distributions of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy, and a second set of normalized scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy, generating a graphical user interface (GUI) including a first portion associated with the first therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the first set of normalized scores; and a second portion associated with a second therapy and having at least one visual characteristic determined based on a normalized score of the respective biomarker in the second set of normalized scores; and displaying the generated GUI.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques

Abrégé

Various methods, systems, computer readable media, and graphical user interfaces (GUIs) are presented and described that enable a subject, doctor, or user to characterize or classify various types of cancer precisely. Additionally, described herein are methods, systems, computer readable media, and GUIs that enable more effective specification of treatment and improved outcomes for patients with identified types of cancer. Some embodiments of the methods, systems, computer readable media, and GUIs described herein comprise obtaining RNA expression data and/or whole exome sequencing (WES) data for biological samples; determining a respective plurality of molecular-functional (MF) profiles for a plurality of subjects; clustering the plurality of MF profiles to obtain MF profile clusters; determining a molecular-functional (MF) profile for an additional subject; and identifying, from among the MF profile clusters, a particular MF profile cluster with which to associate the MF profile for the subject.

Classes IPC  ?

• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer

Abrégé

Techniques for determining therapy scores for at least two of an anti-PD1 therapy, an anti-CTLA4 therapy, an IL-2 therapy, an IFN alpha therapy, an anti-cancer vaccine therapy, an anti-angiogenic therapy, and an anti-CD20 therapy. The techniques include determining, using sequencing data for the subject and information indicating distribution of biomarker values across one or more reference populations, a first set of normalized biomarker scores for a first set of biomarkers associated with a first therapy; and a second set of normalized biomarker scores for a second set of biomarkers associated with a second therapy; providing the first set of normalized biomarker scores as input to a statistical model to obtain a first therapy score for the first therapy; and providing the second set of normalized biomarker scores as input to the statistical model to obtain a second therapy score for the second therapy.

Classes IPC  ?

• G16B 45/00 - TIC spécialement adaptées à la visualisation de données liées à la bio-informatique, p. ex. affichage de cartes ou de réseaux
• G16H 50/30 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour l’évaluation des risques pour la santé d’une personne
• C12Q 1/6886 - Produits d’acides nucléiques utilisés dans l’analyse d’acides nucléiques, p.ex. amorces ou sondes pour les maladies provoquées par des altérations du matériel génétique pour le cancer
• G16H 50/20 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour le diagnostic assisté par ordinateur, p.ex. basé sur des systèmes experts médicaux
• G16H 50/70 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour extraire des données médicales, p.ex. pour analyser les cas antérieurs d’autres patients
• G06F 16/28 - Bases de données caractérisées par leurs modèles, p.ex. des modèles relationnels ou objet
• G16B 5/00 - TIC spécialement adaptées à la modélisation ou aux simulations dans la biologie des systèmes, p. ex. réseaux de régulation génétique, réseaux d’interaction entre protéines ou réseaux métaboliques
• G16B 20/00 - TIC spécialement adaptées à la génomique ou protéomique fonctionnelle, p. ex. corrélations génotype-phénotype
• G16B 40/00 - TIC spécialement adaptées aux biostatistiques; TIC spécialement adaptées à l’apprentissage automatique ou à l’exploration de données liées à la bio-informatique, p.ex. extraction de connaissances ou détection de motifs
• G16B 50/00 - TIC pour la programmation d’outils ou de systèmes de bases de données spécialement adaptées à la bio-informatique
• G06F 17/18 - Opérations mathématiques complexes pour l'évaluation de données statistiques
• G16H 20/00 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients
• G16H 50/50 - TIC spécialement adaptées au diagnostic médical, à la simulation médicale ou à l’extraction de données médicales; TIC spécialement adaptées à la détection, au suivi ou à la modélisation d’épidémies ou de pandémies pour la simulation ou la modélisation des troubles médicaux
• G16H 20/10 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des médicaments ou des médications, p.ex. pour s’assurer de l’administration correcte aux patients
• G16H 20/40 - TIC spécialement adaptées aux thérapies ou aux plans d’amélioration de la santé, p.ex. pour manier les prescriptions, orienter la thérapie ou surveiller l’observance par les patients concernant des thérapies mécaniques, la radiothérapie ou des thérapies invasives, p.ex. la chirurgie, la thérapie laser, la dialyse ou l’acuponcture
• G16H 70/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement de références médicales concernant des pratiques ou des directives
• G16H 10/20 - TIC spécialement adaptées au maniement ou au traitement des données médicales ou de soins de santé relatives aux patients pour des essais ou des questionnaires cliniques électroniques